Oprettelsen af DKCERT var en direkte konsekvens af en af de første danske hackersager: Sagen mod Jub Jub Bird og Sprocket.
Det var to unge mænd, der bevæbnet med et par Amiga-computere og en pc hackede sig ind på UNI-C's netværk i 1989. UNI-C var datidens nationale center for it til forskning og uddannelse. Organisationen drev et landsdækkende Ethernet-baseret netværk.
Hackerne benyttede modemer til at ringe op til computere hos UNI-C. De gættede sig til adgangskoder og kom på den måde på nettet.
Angreb fra RUC mod NASA
Omkring årsskiftet 1990-91 var de to i gang igen. Denne gang forsøgte de at hacke sig ind på computere hos NASA via en computer på RUC.
En systemadministrator fra NASA gav i januar 1991 UNI-C besked om, at nogen havde forsøgt at få fat i Password-filen fra en af deres servere.
I 1988 var det meste af det daværende internet blevet lagt ned af den såkaldte Morris-orm. Det førte til dannelsen af CERT/CC (Computer Emergency Response Team Coordination Center) på Carnegie Mellon University.
CERT/CC stod for koordinering af indsatsen ved alvorlige sikkerhedsproblemer på nettet.
CERT/CC fik en kopi af mailen fra NASA. De henvendte sig til UNI-C og fortalte, at de havde set flere andre forsøg på hacking fra RUC.
UNI-C meldte sagen til politiet, og i fællesskab lykkedes det at finde frem til Jub Jub Bird og Sprocket. De blev anholdt og dømt.
DKCERT oprettes
Ligesom Morris-ormen førte til dannelsen af CERT/CC, førte den danske hackersag til, at UNI-C oprettede CERT i sommeren 1991. Efterhånden blev navnet udvidet til DKCERT for at markere forskellen til de CERT'er i andre lande, der begyndte at blive dannet.
I 1993 kom DKCERT på banen i den såkaldte Haslevsag. Igen blev UNI-C's netværk og modemer misbrugt til at give hackere adgang til en række computere på universiteter og andre steder.
Ledelsen
Jørgen Bo Madsen var den første leder af CERT frem til 1997. Derefter blev CERT lagt ind under UNI-C's andre sikkerhedsaktiviteter. I år 2000 ansatte UNI-C den tidligere vicekriminalkommissær Preben Andersen som leder.
I 2007 overtog Shehzad Ahmad chefposten. Han forlod den i 2015, hvor Henrik Larsen blev chef for DKCERT indtil sin pensionering i december 2023. Fra 1. juni 2024 Jacob-Steen Madsen er chef for DKCERT.
Siden begyndelsen har DKCERT været knyttet til det landsdækkende forskningsnet. Først via UNI-C, i dag som en del af DeiC (Danish e-Infrastructure Cooperation), der arbejder for at fremme eScience (brugen af it i forskningen) i Danmark.